Κατά την επέμβαση του περιεδρικού αποστήματος ο εξειδικευμένος χειρουργός πραγματοποιεί ευρεία παροχέτευση (διάνοιξη) του αποστήματος, η οποία πραγματοποιείται με laser / λέιζερ ή ηλεκτροδιαθερμία. Η καυτηρίαση του ιστού καθιστά την επέμβαση πιο ανώδυνη.

Κατά τη διάρκεια της παροχέτευσης, πραγματοποιείται και χαρτογράφηση ενός πιθανού περιεδρικού συριγγίου (αιτία αποστήματος), το οποίο αντιμετωπίζεται συνήθως στην ίδια συνεδρία. Στόχος είναι να αποκλειστεί η επανεμφάνιση του περιεδρικού αποστήματος.

Η επέμβαση του περιεδρικού αποστήματος θα πρέπει να πραγματοποιείται επειγόντως, ώστε να αποφευχθεί ένας σπάνιος, αλλά υπαρκτός κίνδυνος, η γάγγραινα Fournier. Πρόκειται για μια εκτεταμένη νέκρωση των πέριξ ιστών του πρωκτού, που απαιτεί μεγαλύτερης έκτασης επέμβαση και νοσηλεία.

Η επέμβαση του περιεδρικού αποστήματος διενεργείται υπό σύντομη γενική ή επισκληρίδια αναισθησία και ο ασθενής εξέρχεται της κλινικής λίγες ώρες συνήθως μετά το χειρουργείο.