Τα κονδυλώματα του πρωκτού, είτε βρίσκονται εξωτερικά είτε εσωτερικά, θεραπεύονται ως εξής: Αφαιρούνται και καυτηριάζονται συγχρόνως με πηγή ενέργειας (laser CO2 / λέιζερ ή loop-ηλεκτροδιαθερμία). Η καυτηρίαση μειώνει τον κίνδυνο υποτροπής. Άλλες τεχνικές αντιμετώπισης, όπως αφαίρεση με κρυοπηξία ή ειδικές κρέμες δεν προσφέρουν την ίδια ριζικότητα.
Η αφαίρεση των εξωτερικών κονδυλωμάτων είναι δυνατή και με τοπική αναισθησία, η αφαίρεση όμως των εσωτερικών (ενδοπρωκτικών) κονδυλωμάτων θα πρέπει να πραγματοποιείται υπό σύντομη γενική ή επισκληρίδια αναισθησία, ώστε η επέμβαση να είναι και ανώδυνη και ριζική.
Μετά την αφαίρεση τους τα κονδυλωμάτα αποστέλλονται για ιστολογική εξέταση (βιοψία). Έτσι επιβεβαιώνεται η διάγνωση. Επιπλέον δυνατότητα στα πλαίσια της βιοψίας είναι και η τυποποίηση (μια περαιτέρω εξέταση για τη διαπίστωση των υποτύπων του ιού HPV που φέρει ο ασθενής).
Οι υποτύποι του ιού HPV μπορεί να είναι:
- υψηλού κινδύνου
- χαμηλού κινδύνου
σχετικά με την πιθανότητα καρκινογένεσης μελλοντικά.
Σημαντικό ρόλο όμως στη θεραπεία των κονδυλωμάτων, στη μείωση δηλαδή του κινδύνου επανεμφάνισης τους παίζει η άμυνα του οργανισμού. Για να έχει κανείς ισχυρό αμυντικό σύστημα, θα πρέπει να ακολουθηθούν οι εξής οδηγίες:
- διακοπή καπνίσματος
- διατροφή πλούσια σε βιταμίνη C
- καταπολέμηση άγχους
- επαρκής ύπνος
Στους ασθενείς που αφαιρέθηκαν κονδυλώματα πρωκτού, θα πρέπει να γίνονται επανέλεγχοι με ορθοσκόπηση / πρωκτοσκόπηση, ώστε να αποκλείεται η επανεμφάνιση κονδυλωμάτων.
Αξίζει να σημειωθεί ότι μακροπρόθεσμα ο οργανισμός παράγει αντισώματα κατά του ιού.

