Τα κονδυλώματα του πρωκτού, είτε βρίσκονται εξωτερικά είτε εσωτερικά, θεραπεύονται ως εξής: Αφαιρούνται και καυτηριάζονται συγχρόνως με πηγή ενέργειας (laser CO2 / λέιζερ ή loop-ηλεκτροδιαθερμία). Η καυτηρίαση μειώνει τον κίνδυνο υποτροπής. Άλλες τεχνικές αντιμετώπισης, όπως αφαίρεση με κρυοπηξία ή ειδικές κρέμες δεν προσφέρουν την ίδια ριζικότητα.
Η αφαίρεση των εξωτερικών κονδυλωμάτων είναι δυνατή και με τοπική αναισθησία, η αφαίρεση όμως των εσωτερικών (ενδοπρωκτικών) κονδυλωμάτων θα πρέπει να πραγματοποιείται υπό σύντομη γενική ή επισκληρίδια αναισθησία, ώστε η επέμβαση να είναι και ανώδυνη και ριζική.
Μετά την αφαίρεση τους τα κονδυλωμάτα αποστέλλονται για ιστολογική εξέταση (βιοψία). Έτσι επιβεβαιώνεται η διάγνωση. Επιπλέον δυνατότητα στα πλαίσια της βιοψίας είναι και η τυποποίηση (μια περαιτέρω εξέταση για τη διαπίστωση των υποτύπων του ιού HPV που φέρει ο ασθενής).
Καλό είναι τα κονδυλώματα μετά την αφαίρεσή τους να αποστέλλονται και για βιοψία (παθολογοανατομική εξέταση) για επιβεβαίωση της διάγνωσης, ενώ συγχρόνως, ανάλογα με την περίπτωση, είναι δυνατή και ειδική εξέταση (τυποποίηση) ώστε να διαπιστωθεί ποια στελέχη του ιού υφίστανται.
Οι υποτύποι του ιού HPV μπορεί να είναι:
- υψηλού κινδύνου
- χαμηλού κινδύνου
σχετικά με την πιθανότητα καρκινογένεσης μελλοντικά.
Σημαντικό ρόλο όμως στη θεραπεία των κονδυλωμάτων, στη μείωση δηλαδή του κινδύνου επανεμφάνισης τους παίζει η άμυνα του οργανισμού. Για να έχει κανείς ισχυρό αμυντικό σύστημα, θα πρέπει να ακολουθηθούν οι εξής οδηγίες:
- διακοπή καπνίσματος
- διατροφή πλούσια σε βιταμίνη C
- καταπολέμηση άγχους
- επαρκής ύπνος
Στους ασθενείς που αφαιρέθηκαν κονδυλώματα πρωκτού, θα πρέπει να γίνονται επανέλεγχοι με ορθοσκόπηση / πρωκτοσκόπηση, ώστε να αποκλείεται η επανεμφάνιση κονδυλωμάτων.
Αξίζει να σημειωθεί ότι μακροπρόθεσμα ο οργανισμός παράγει αντισώματα κατά του ιού.